Аэропорт Брюсселя большой, но если у вас куплен один авиабилет на оба рейса, волноваться вам не нужно, авиакомпания всё рассчитала, и при разумном поведении вы успеете на второй рейс. Если вы летите разными авиакомпаниями (т.е. у вас два билета), то тут стоит поволноваться, поспешить на паспортном контроле, продемонстрировав второй билет, да и багаж в этом случае вы должны получить, тут 45 минут маловато, можно легко опоздать.

Смотря что вас интересует. Мехелен интереснее в отношении архитектуры: там сохранились собор, ратуша, дома гильдий, несколько замечательных церквей. Лёвен сильно пострадал во время мировых войн и отстроен заново, тут найдёшь немного действительно старинных зданий, но зато он веселее, здесь много молодёжи, красивых девушек, все катаются на велосипедах, и этот город  вполне можно назвать столицей бельгийского пива.

21 июля - День присяги короля считается главным национальным праздником Бельгии. Главные празднества проходят в Брюсселе, но и в Генте в это время тоже весело. 18 июля начинаются Гентские праздники - целую неделю в историческом центре проходят концерты, представления, различные мастер-классы и ярмарки. Так что скучать вам не придётся.

Честно говоря, один день на эти два города - мало. Недостаточно, чтобы как следует их осмотреть, почувствовать атмосферу. Но если уж у вас нет другого выхода, то, наверное, удобнее всё-таки ехать из Брюсселя на поезде в Гент (около 40 мин.), а затем в Брюгге (ещё около 20 мин). Лучше встать пораньше. В Генте сразу для экономии времени садитесь на трамвай номер 1 - доедете до центра. В Брюгге от вокзала пешком минут 20 - и вы у Гроте-Маркт.  Если вы возьмете машину - экономия времени незначительная, а проблемы с парковой - существенные. Другое дело, если вы хотите поколесить по сельской Бельгии, останавливаясь под настроение в городках и деревнях, но такая поездка, чтобы она принесла удовольствие, должна быть неспешной, а у вас прямо-таки спортивный график.

Брюгге - город небольшой, большинство туристов, путешествующих по Бельгии или Бенилюксу, приезжают сюда на один день, поэтому несколько часов, проведённых здесь с гидом, вполне достаточно, чтобы осмотреть главные достопримечательности. Брюссель по масшатабам сравним с Парижем, но, тем не менее, вы сможете увидеть Гран-пляс, Писающего мальчика и ещё пару-тройку мест из разряда "must see". Время в пути из Парижа до Брюгге - около 3 часов, между Брюгге и Брюсселем - часа полтора и возвращаться из Брюсселя вы будете  часа 3 с половиной. Вот такой расклад. Конечно, чтобы прилично узнать город, даже такой небольшой, как Брюгге, лучше пожить в нём хотя бы несколько дней. Но для первого знакомства такая экскурсия вполне подойдёт.

Насколько нам известно,  в вашем случае другая страна Шенгена визу может не дать, а если и даст, то в Бельгию по ней могут не пустить. Лучше всего проанализировать, почему был отказ,   получше подготовиться (например, может быть, вы не предоставили достаточно убедительных свидетельств о вашей платёжеспособности) и подать на бельгийскую визу снова. Как замечают наблюдатели, в нынешнем 2014 году процент отказа в визе очень низок, особенно по сравнению с предыдущими годами, когда отказ получали больше 10% подавших на визу.